ФАП проводит санітарно-протиепідеміологічну роботу на підвідомчій території: виявляє та ізолює заразних хворих, проводить поточну дезінфекцію приміщень, де хворі перебували, відсторонює від роботи в харчоблоках, дитячих і лікувальних установах осіб, які контактували з хворими, проводить профілактичні щеплення.